对于行政合同纠纷的诉讼时效问题，其核心规则与普通行政诉讼相似，主要适用的是行政诉讼的相关规定，而非民事诉讼的一般时效。以下是对您问题的具体分析：
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条【起诉期限】
“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。”
适用解释：该条文明确了行政诉讼的一般起诉期限为六个月，自当事人知道或应当知道行政行为之日起计算。行政合同作为一种行政行为（特别是行政机关为实现行政管理目标而签订），因此对其提起诉讼通常适用该六个月的起诉期限。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条【诉讼时效】
“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关单方变更、解除行政协议等行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。”
适用解释：该规定对行政合同纠纷的起诉期限进行了细化。对于行政机关单方变更、解除行政协议等具有单方行政行为性质的行为，适用前述行政诉讼法规定的六个月起诉期限。而对于行政机关不依法履行、未按照约定履行等合同履行纠纷，则参照民事法律规范确定诉讼时效（通常为三年）。
起算点：起诉期限从您知道或者应当知道行政机关作出相关行为（如单方解除合同、不履行合同义务）之日起计算。
期限长度：
对于行政机关的单方行政行为（如变更、解除合同），起诉期限为六个月。
对于合同履行争议（如不支付费用、不按约定提供服务），诉讼时效参照民事法律规定，一般为三年。
最长保护期：如果不知道行政行为内容，起诉期限从行政行为作出之日起计算，不动产案件为二十年，其他案件为五年。
行政合同纠纷的诉讼时效（起诉期限）需根据争议的具体性质进行区分：
若争议焦点为行政机关的“单方行政行为”（如变更、解除合同），适用六个月的起诉期限。
若争议焦点为“合同履行”问题（如未按约支付、履行瑕疵），则参照民事法律，适用三年的诉讼时效。
行动建议：
固定证据：保存好行政合同文本、行政机关作出的相关书面决定、通知、沟通记录、付款凭证等所有可能证明行政行为内容和您知悉时间的材料。
及时行动：鉴于行政诉讼起诉期限（六个月）较短，且不同于民事诉讼时效的中断、中止规则较为严格，一旦发现权利被侵害，应尽快咨询专业律师，评估起诉的可行性。
寻求专业帮助：行政合同纠纷涉及对行政行为合法性的判断，法律关系较为复杂。建议尽早委托专业律师，对案件进行整体分析，确保在法定期限内提起诉讼，避免因超过时效而丧失胜诉权。
